軟件企業專項審計，是指指依據軟件企業認定辦法的相關規定，對擬認定企業上一年度和當年度（實際年限不足一年的按實際月份）財務報表（含資產負債表、損益表、現金流量表）以及軟件產品開發銷售（營業）收入、企業軟件產品自主開發銷售（營業）收入、企業研究開發費用情況進行審計。出具軟件企業專項審計報告。該報告主要用于企業申辦軟件企業或軟件企業年審使用。提供給科委、財政、稅務、工商單位及管理層和董事會等相關部門。

一、軟件企業專項審計流程

軟件企業專項審計工作從業務承接到完成通常要經過以下步驟：

1.會計師事務所和軟件企業專項審計單位進行初步溝通了解，確定軟件企業專項審計目的、審計范圍、審計收費等；并簽訂業務約定書；

2.會計師事務所安排項目組，下發委托方軟件企業專項審計準備的資料清單；

3.被審軟件企業單位按照資料清單準備相關審計資料，并確定現場審計時間。

4.現場審計階段；

5.審計情況匯總和形成審計報告初稿；

6.與被審軟件企業單位交換意見；

7.出具正式審計報告。

二、軟件企業專項審計時間

軟件企業專項審計所需要的時間依賴于軟件企業專項審計的目的，審計范圍、項目涉及的會計期間、審計工作量及注冊會計師的審計流程等，一般包括外勤審計時間和匯總報告時間。

規模小的單位一周內可以出具審計報告，規模大的單位時間會長。具體軟件企業專項審計時間按照審計計劃安排進行。