鑒于軟件著作權登記只對申請人提交的相關申請材料做形式審查，因此，不排除某些錯誤的登記情況出現。例如，經過法院審理，判定軟件著作權登記證書所登載的著作權人并非其合法著作權人的情況下，經過利害關系人的申請，國家版權局可以撤銷相關軟件著作權登記證書。一般來講，國家版權局根據下列情況之一，可以撤銷登記：

（一）著作權行政管理部門作出的行政處罰決定；

（二）最終的司法判決；

（三）根據申請人的申請，撤銷登記。

以上就是國家版權局允許軟件著作權證書登記被撤銷的三種情況。